坊間風行大腸水療，美其名為替大腸洗SPA，標榜有清腸、排毒、保健及養生等功效。這其實只是一種灌腸方式，利用大量溫水透過肛管灌進人體的大腸或直腸內，藉由刺激腸道蠕動，引起便意感，促使大便排出。
大腸水療的廣告宣傳上這樣說，"宿便長期累積在腸道以後就會產生毒素，造成身體許多症狀，如：記憶力衰退、頭痛、失眠、哮喘、心悸、心臟衰弱、加重肝臟與腎臟負荷、影響肝臟解毒功能、口臭，消化吸收不良、大腸功能退化，容易形成惡性腫瘤、皮膚容易產生斑點、暗沉、皺紋增加、失去光澤、容易疲勞等。所以經由大腸水療清腸後，就可以達到改善的效果，又會舉例說有許多歷史名人都曾是親身見證者，來強調大腸水療的好處。後來又出現一種咖啡灌腸法，把溫水換成咖啡，業者宣稱有幫助肝臟排毒及強化肝臟機能、活化免疫力、改善便秘及避免宿便、促進腸蠕動、殺死腸內壞菌等功效，甚至還能達到減肥的目的。"
據歷史記載，古埃及人就曾經開始利用灌腸來治療便秘，後來也被應用於中世紀的歐洲及中美洲。通常臨床上灌腸的目的是用來軟化糞便，使硬便容易排出或是在手術或大腸鏡檢查前的清腸準備。有些患有慢性病的老人家或長期臥床的病人常會有便秘的困擾，有時為了貪圖一時的方便及省錢，家屬就到附近藥局買甘油球浣腸劑回來自行灌腸，但市售的甘油球材質較硬，若一不小心，甘油球的尖端部位很容易就會戳傷肛門，輕者破皮出血，造成肛門疼痛反而不敢解便，使得硬便更加困難排出，嚴重者不僅可能引發細菌感染，造成肛門潰瘍或膿瘍，甚至演變成致命性的會陰部壞死性筋膜炎及敗血症。
新聞報導過，有名老婦人因接受大腸水療，造成大腸破裂及腹膜炎，後來引發敗血症而死亡的案例。之後衛生署官員就一再重申，大腸水療是屬於一種侵入性的醫療行為，必須由專業的醫護人員來操作執行，以免發生危險。在坊間某些美容中心裏，穿著護士服的工作人員或所謂的大腸水療師不見得都是合格領有執照的護理人員，若未先經過醫師評估，排除身體及大腸內部潛在的疾病，就貿然進行大腸水療，難保不會再次發生類似的意外。
此外，大腸水療最大的功能就是灌腸幫助排便而已，並沒有美容養生或抗老化的功效。而且大腸水療機是屬於醫療器材，必須經過衛生署查驗登記，核准後才得販售，否則就可能觸法。自己買回來在家DIY大腸水療，是一種非常危險的行為，若不慎穿破腸壁嚴重將造成腸穿孔。
人體的消化道從口腔開始，經過咽喉、食道、胃、小腸、大腸、直腸到肛門結束，路程非常的長，整套系統的運作機轉相當複雜，只要其中一個器官出狀況，就可能會影響消化、吸收或排泄的功能。每個人的消化生理機能也不完全一樣，有些人可能每天習慣性都要上三次大號，也有的人可能就要三天才解一次，但也沒有任何不舒服的感覺，這在臨床上都屬正常範圍，所以一般認為只要一週的排便次數少於3次才算是便秘。便秘的成因很多，大腸肛門的病變或其他內科疾病都有可能，必須經由有經驗的醫師詳細病史詢問及安排檢查才能鑑別診斷。現代人工作壓力大，情緒容易緊張，生活作息不規律，常熬夜，缺乏適當運動，飲食習慣不良，水分或纖維素攝取不足，都容易造成大腸功能失調，引起便秘。此外，像懷孕或長期臥床的病人，有些慢性疾病或服用某些藥物也可能會有排便困難的困擾。
因此，如果有便秘的問題，應該要找大腸直腸外科或胃腸科醫師診治，找出真的病因，開立安全合適的藥物，而不是直接到藥房買浣腸劑或用大腸水療來解決。若要使用甘油球灌腸或自行在家大腸水療時則必須非常當心，最好是萬不得已時才用，並應該要避免長期使用，減少產生肛門或腸道損傷及併發症的機會。