本院自民國七十九年十月開放門診、急診及住院醫療，服務南部地區民眾，榮總系統是最早將大腸直腸外科獨立出來的醫院，在開院之際大腸直腸外科很榮幸的劃下第一刀。我們早在本院開幕後第二年即通過大腸直腸外科醫學會之審定為教學訓練醫院，並且是南部地區培養大腸直腸外科專科醫師之重鎮。本科除了引進先進技術及設備外，並著重技術人才培育及醫療專業之提昇，不斷努力使本科無論在學術上與醫術能均臻於完美。
目前本科共有四位專任主治醫師、二位兼任主治醫師、兩位內視鏡技術師及四位專科護理師，其間不斷引進先進醫療科技，並派遣本科主治醫師出國進修以吸取新知，除了繁忙的臨床工作外，本科也積極參與國內外醫學會議及醫學期刊論文之發表，及院內之研究計劃，期使臨床與學術並重，教學方面，本科採取主治醫師帶著住院醫師及實習醫師"TeamWork"制，並於晨會時間舉行臨床病例討論、期刊研讀、死亡併發症討論會、 大腸直腸外科多專科影像聯合討論會，另主治醫師每日除了床邊迴診教學外，也包括手術教學、門診教學及每週至少一次住診教學訓練。在如此專業醫療團隊下，並持續提升醫療水準及服務品質。我們本著「精進高榮，名掦天下」的精神，仍精益求精，不斷 訓練專業人才、醫療設備更新，使醫療技術能與國外先進同步，期為病患提供更完善的服務。
科技的日新月異使疾病的診斷與治療有更多選擇的工具，本科特色包括:
1.微創3D大腸直腸癌腹腔鏡手術
2.達文西機械手臂微創手術
3.肛門疾患微創手術
4.經肛門內視鏡全腸繫膜切除術（transanal total mesorectal excision, TaTME)
5.腫瘤減積手術（cytoreductive surgery）及腹腔內溫熱化學治療（hyperthermic intraperitoneal chemotherapy, HIPEC）
6.術後快速恢復計畫(ERAS)
7.內視鏡黏膜下剝離手術(ESD)：本科自2013開始發展早期腫瘤大腸內視鏡黏膜下剝離術ESD, 由外科醫師在整合式開刀房配合專業的麻醉團隊, 達到高品質的ESD手術要求, 至今2023已完成數百例手術經驗, 已成為全台首選大腸內視鏡治療中心.
大腸直腸癌高居國人癌症之發生率第一位與死亡率的第三位，手術切除，再配合化學治療、放射線治療，是治療大腸直腸癌最常用的方法。六十年代只有5-FU一種化療藥物，持續四十年之久，2000年後才有Irinotecan、Oxaliplatin及Capecitabine等藥物的相繼出現，似乎燃起治癒大腸直腸癌的新希望。2000年標靶藥物成為癌症治療的新武器，近年的免疫療法與細胞治療, 更引導另一道治療的方向。
本科配合國民健康局的政策，提供糞便潛血檢查及大腸鏡檢查，希望提高發現早期病患的比例，俾能有更理想的治療效果。此外，本科醫師於臨床照護過程中，將臨床上所觀察與面臨到的問題有更深入一步探討分析，將研究結果發表於國際各大期刊;另與其他醫院進行基礎研究，希望能受惠於患者外，並於醫療上有所貢獻及提昇醫療照護品質。對於接受化療以及人工腸造口的病患，我們有專業醫護人員提供適切的協助，秉持「視病猶親」是本科所有同仁共同而基本的理念。
〈一〉本科各項檢查：
大腸鏡檢查：包括大腸癌篩檢、息肉切除及腸炎檢診。
直腸鏡檢查：包括直腸病灶診斷及治療。
肛門鏡檢查：包括痔核結紮治療痔瘡，診斷肛門疼痛，出血及長硬塊的病因。
〈二〉本科醫療範圍：大腸直腸癌及肛門癌、 痔瘡、肛門膿瘍和廔管﹝痔漏﹞、肛裂、脫肛、腸息肉、腸憩室、腸炎、大腸無力症等。凡是疑大腸病灶引起貧血、便血、肛門腫痛、排便習慣改變、經檢查後懷疑或確診大腸直腸肛門腫瘤、大腸直腸憩室炎或發炎性大腸炎等，可能須手術治療者，均為醫治對象。
〈三〉特殊專長： 大腸直腸癌的手術治療與化學藥物治療、達文西機械手臂微創手術、3D腹腔鏡微創手術, 內視鏡黏膜切除EMR、內視鏡黏膜下剝離術ESD、直腸癌的肛門保留手術、人工肛門的照護、免開刀免住院的微創痔瘡治療。