吞嚥困難的治療方法依治療方式不同而分為二種：
一、直接治療
二、間接治療
A. 直接治療：
利用吞嚥姿勢及食物特性等來減低吞嚥困難的程度。
a. 選擇最佳吞嚥姿勢
依吞嚥困難原因而作不同的選擇：
1. 舌頭控制能力欠佳：吞嚥時先將頭下垂再甩向後方使舌根蓋住谿部(valleculae)，以避免食物滯積該處而被吸入氣管。
2. 吞嚥反射遲緩：吞嚥時先將頭下垂可加寬谿部空間以滯積較多食物可直接進入咽部，避免吸入氣管。
3. 聲帶或喉部閉合不全：吞嚥時將頭部向前傾便於將會厭軟骨拉下蓋住氣管以保護呼吸道。
4. 單側咽部蠕動能力欠佳：吞嚥時將頭部轉向患側可蓋住該側梨狀竇，以避免食物滯積。
5. 單側口腔或舌頭功能欠佳：將頭斜向正常側可導引食物傾向此側，以利攪拌、吞嚥。
b. 選擇口腔放置食物位置
1. 將食物放在功能較好的一側。
2. 用吸管將黏稠細性食物放在功能及感覺較好之處。
c. 選擇最適合的食物
依吞嚥困難原因而作不同的選擇：
1. 口腔控制能力欠佳，選用液體或較稀的食物。
2. 吞嚥反射遲緩，選用較乾的食物。
3. 咽部蠕動反應欠佳，選用液體的食物
4. 環咽肌功能喪失，選用液體的食物。
5. 聲帶或喉部閉合不全，選用較乾的食物。
6. 多重性吞嚥困難，綜合吞嚥困難原因做中間性選擇，如口腔控制功能欠佳併吞嚥反射遲緩者，選用黏綢性食物，同時在吞嚥時將頭甩向後方。
B. 間接治療：
利用口腔運動刺激吞嚥反射或喉部運動來改善吞嚥功能。
a. 口腔運動
對於口腔功能欠佳者，需做下列運動：
1. 舌頭上下、左右與前後運動。
2. 雙唇及舌頭阻力運動(resistance exercise)
3. 攪拌運動
b. 刺激吞嚥反射
對於吞嚥反射遲緩病患，使用溫度刺激法(thermal stimulation)，將直徑約一公分之長柄喉鏡放在冰塊中冷卻，然後輕括口朗腔兩側前煙門弓底部，能增加吞嚥反射速度，治療一次做五分鐘，持續一個月。
c. 喉部運動
對於聲帶或喉部閉合不全者，需做下列運動
1. 聲帶內轉運動：緊緊閉氣然後大叫"ㄚ"，可增加聲帶閉合力，反覆練習數次，持續一個月以上。
2. 上聲門吞嚥法(supraglottic swallow)：吞嚥前先吸氣，再閉氣吞嚥，吞嚥後馬上咳嗽，可避免食物被吸入氣管內。
3. 音調練習：讓病人用母音"ㄚ"順著音階往上唱到高音，然後再唱下來，可以增加肌肉張力。
作者 孫淑芬醫師