正子斷層造影檢查能夠早期偵測微小病灶，而且其提供的資訊是屬於疾病分子層面的改變，所以在診斷用途上具有早期診斷早期治療的優點，對於臨床醫師在醫療處置上能夠有效掌握病情，及時改變治療方式。
正子斷層造影檢查有時必需重覆進行，譬如癌症治療的預後評估，通常於3-6個月內重覆檢查以密切追踪病情之變化。