組織病理科主要包括三個作業單位：組織病理、電子顯微鏡室與解剖室。
組織病理
地點：醫療大樓九樓
工作內容
主要任務是進行病理診斷，提供臨床醫師治療的準則。其作業流程如下：
- 病理醫師檢視外科手術所切除的器官或組織，並選取適當的部位切取標本，以供顯微鏡檢查。
- 組織標本經自動組織脫水機脫水處理。
- 醫檢師將脫水處理後的組織標本包埋為蠟塊。
- 醫檢師將組織蠟塊切成薄片後，置於玻片上染色及封片。
- 病理醫師用顯微鏡檢視組織切片後發出病理報告。
聯絡方式 07-3422121(分機76305)
電子顯微鏡室
地點：醫療大樓地下一樓
工作內容
電子顯微鏡臨床上最常用在腎臟病理科學，腎臟切片電子顯微檢查是鑑別各種腎炎的核心檢查，本科提供精確的診斷，接受各級院所委託代檢業務，頗獲南部多家各級醫院好評，對腎臟病的後續治療貢獻良多。另外超顯微結構在神經科學及肌肉病理科學也占有不可或缺的角色，因此腎臟科、神經內科以及小兒科都是我們服務的主要領域。
聯絡方式 07-3422121(分機76315)
解剖室
組織架構
地點：懷遠堂旁
工作內容
解剖室主要以在本院死亡的案例為解剖對象，負有分析死因、檢討臨床照護品質、協助提升臨床醫療服務品質的重任。
聯絡方式 07-3422121(分機 76310)