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民國79年4月間，於臺北榮民總醫院動力大樓六樓籌設高雄分院「醫務行政室」，規劃有掛號計價股、病歷股、住院股等單位 ，此為單位創設之始。
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民國79年10月31日，醫務行政室隨同榮民總醫院高雄分院開幕正式運作。初創之期下轄「掛號計價組」、「病歷組」、「住院組」等單位，並編制主任1人及單位成員共53員。
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民國80年7月，門診現場自動預約掛號系統及自動電話語音掛號系統正式啟用。
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民國80年10月1日，醫務企管室第一任主任梁旭輝(任期至82/07/12)。
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民國83年12月1日，醫務企管室第二任主任翁宗琦(任期至86/09/01)。
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民國84年開始辦理轉診業務、增設換健保卡櫃台，方便民眾換卡。
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民國86年掛號櫃檯單一窗口多功能服務啟用。
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民國86年9月1日，醫務企管室第三任主任鄭錦翔(任期至94/08/19)。
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民國86年10月，伴隨健保開辦、醫療費用申報業務日益繁鎖及到院門診量穩定成長，將原屬會計室「計價作業組」改隸醫務行政室，原掛號計價組更名為「掛號組」，專職掛號等事項。
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民國87年7月，作業組正式歸入醫行室。
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民國87年10月31日 ，為使住院病患辦理住院流程順暢及提昇效率，成立住院病患服務中心。
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民國88年6月，住院櫃台單一窗口多功能服務啟用。
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民國89年1月，舉辦第一次全面品質管理行動小組發表會。
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民國92年1月，急診服務櫃檯搬遷至急診大樓1樓。
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民國92年7月，因應組織重新定位，更名為「醫務企管室」。將原為院部督導「研考品管組」及「績效企劃組」任務編組歸入本室；並將「住院組」及「掛號組」合併為「醫務組」，成為涵蓋醫院整體醫療行政及品質、費用成本控管等事務的行政管理單位。
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民國93年12月，門診服務櫃檯重新整修，由8個櫃檯擴增為15個。
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民國94年1月1日，為配合衛生署政策，由本室規劃成立「社區健康中心」，以社區醫療發展為導向，建立周全性照護，下分健康服務、健康管理、轉診與疾病管理四個組別，負責社區的健康促進、預防保健、健康與疾病管理及醫療轉介服務，冀望民眾從初級預防到病後復健追蹤，獲得全面性的照護。
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民國94年8月，本室駐地遷至新址(醫療大樓入口左側)；新住院服務中心啟用。
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民國94年8月16日，放射線部、核醫科及相關行政管理部門（含醫務企管室、人事室、會計室、工務室、總務室、資訊室、社工室、補給室、政風室）共11個單位通過ISO9001驗證。
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民國95年9月16日，醫務企管室第四任主任黃鴻基(任期至103/09/16)。
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民國101年12月1日，本院護理部、藥劑部、放射線、核醫科及其他行政單位(含醫務企管室)等單位，通過ISO9001國際品質認證。
- 民國102年11月1日，因應行政院組織再造作業，配合上級機關再度進行組織修編，原醫務組、病歷組、計價作業組、績效企劃組、研考品管組 分別更名為「醫療事務組」、「病歷管理組」、「醫療費用組」、「品質管理組」； 另為因應醫院發展需要，整合本室企劃相關事務，成立「醫務企劃組」。
- 民國103年6月5日，本院護理部、藥學部、放射線部、核子醫學部、人事室、主計室、總務室、工務室、補給室、政風室、社會工作室、勞工安全衛生室及醫務企管室等13個單位，通過ISO9001:2008國際品質認證。
- 民國104年2月11日，本院成立「品質管理中心」任務編組，下設一科一組，分別為醫療品質科、認證管理組，由張副院長宏泰兼任中心主任一職。
- 民國104年7月7日，醫務企管室第五任主任任振輝(任期至106/05/16)。
- 民國106年5月16日，醫務企管室第六任主任萬樹人(任期至106/12/16)。
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民國106年12月13日，因應醫療業務發展需要，配合上級機關再度進行組織修編，醫務企管室更名為「醫務企管部」；原品質管理組增設為一級單位：「品質管理中心」。
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民國106年12月16日，醫務企管室第七任主任任振輝(任期至112/3/2)。
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民國107年3月22日，醫務企管部(醫務企劃組、績效管理組、醫療費用組)由原醫療大樓1樓辦公處搬遷至醫護大樓1樓新設辦公處，搬遷事宜圓滿達成。
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民國111年9月1日，醫務企管部任務編組副主任陳文誌(任期111/09/01~112/06/30)
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民國112年3月2日，醫務企管部(代理)主任祝年豐(任期112/03/02~迄今)。
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民國112年7月1日，醫務企管部(代理)副主任林育德(任期112/07/01~迄今)。
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民國113年2月29日，醫務企管部(任務編組)副主任康柏皇(任期113/02/29~迄今)。