內科部於民國七十九年十月正式作業，初期分為 胃腸肝膽科、心臟內科、胸腔內科、新陳代謝科、腎臟科、感染科、血液科（後改為血液腫瘤科）、過敏免疫風濕科、神經內科、 呼吸治療科及精神科十一科。
民國八十二年，本院獨立升格為醫學中心，精神科脫離內科部成為獨立科。為達成整合型照護，另設有加護醫學中心、心臟血管中心、老年醫學中心、呼吸療護中心及感染病房；民國八十四年增設加護醫學內科。
自民國九十二年，以任務編組方式成立一般內科，配合衛生署「畢業後一般醫學訓練計畫」，改進現行過度專科化之住院醫師訓練制度。民國九十七年以任務編組形式成立高齡醫學科，因應台灣快速老化之高齡社會，提供更完善的高齡醫療服務。
自民國一百零一年七月起，胸腔內科與呼吸治療科合併為胸腔內科，提升本院呼吸照護品質，建立整合性呼吸照護系統。
自民國一百零二年十一月一日起，因組織改造通過，一般內科納編為正式單位，新陳代謝科改名為內分泌新陳代謝科，加護醫學科改名為重症加護內科。
自民國一百零四年八月一日起，配合衛生福利部「專責一般醫療主治醫師照護制度推廣計畫」，成立本院整合醫學科，開設專屬病房，由專責主治醫師在合理的工作時數下，提供住院病人整合醫療照護，促進病人安全，增進醫療品質，減輕住院醫師工作負荷，使醫療資源獲得最佳的運用。
自民國一百零六年一月一日起，因調整單位組織架構，增設重症醫學部，加護醫學內科納入重症醫學部。