一、初期架構
1990年（民國79年）內科部成立時設有11個次專科，包括：胃腸肝膽科、心臟內科、胸腔內科、新陳代謝科、腎臟科、感染科、血液科（後改為血液腫瘤科）、過敏免疫風濕科、神經內科、呼吸治療科及精神科。
二、重要里程碑
- 1993年（民國82年）
- 1995年（民國84年）
新增設加護醫學內科，進一步提升重症醫療照護。
- 2003年（民國92年）
以任務編組方式成立一般內科，配合衛生署推動「畢業後一般醫學訓練計畫」，改善住院醫師過度專科化訓練的制度。
- 2004年（民國93年）
以任務編組方式成立高齡醫學中心，提升高齡長者醫療照護品質。
- 2008年（民國97年）
成立高齡醫學科，因應台灣快速邁入高齡化社會，提供更全面的高齡醫療服務。
- 2011年（民國101年）
胸腔內科與呼吸治療科整併為胸腔內科，並設立亞急性呼吸照護中心，提升呼吸照護品質，建立整合性呼吸照護醫療系統。
- 2012年（民國102年）
- 一般內科納編為正式單位。
- 新陳代謝科更名為內分泌新陳代謝科。
- 加護醫學內科更名為重症加護內科。
- 2014年（民國103年）
高齡醫學中心正式納編為一級單位，將高齡醫學科納入高齡醫學中心。
- 2015年（民國104年）
配合衛生福利部推動「專責一般醫療主治醫師照護制度推廣計畫」，成立整合醫學科，設立專屬病房，由專責主治醫師在合理工時下，提供住院病人整合醫療照護，目的在增進病人安全、提升醫療品質、減輕住院醫師的工作負擔及促進醫療資源的最佳化運用。
- 2017年（民國106年）
因應組織架構調整，成立重症醫學部，將重症加護內科納入重症醫學部。
三、總結
隨著時代變遷與發展需求，內科部持續致力於提供完善的整合醫療服務，並積極提升病人安全與醫療品質。在面對台灣高齡化社會與醫療體系改革的挑戰時，內科部強化了重症醫療、一般醫學教育、高齡醫學與整合醫學等領域的醫療專業與醫學教育，培育優秀的內科醫師，進一步提升全人醫療照護品質，實踐更全面、更優質的醫療服務。