胸腔內科於民國79年9月本院開幕時即同時成立，在首任盧朝勇主任規劃領導下，積極踏實，使醫療業務蓬勃發展，並引領南部胸腔醫學發展，創立呼吸加護病房，推展南區胸腔教育月會，並且成立南區第一個胸部影像教學資料庫，造福南部胸腔醫學教育甚偉。除原開院主治醫師丁燿明外，爾後院內陸續有林繼志、王鴻昌、賴瑞生、朱國安、林志洵、洪啟超、許健威、郭耀昌、陳志中、林旻希、張慶宏、張人尹、沈協益、陳己升、歐亭芸、蕭惠元、林聖哲、林文仁、陳彥廷、郭書宏、許淳翔、洪緯欣、陳秋帆、姜佑承、洪維程、黃元甫、陳羿元醫師等人擔任主治醫師，共同負責本科臨床業務。
30年來，已有50餘位院內訓練或院外代訓醫師在本科接受完整胸腔專科訓練後，以優異成積通過胸腔暨重症專科醫師考試，現分別在各醫院任職服務病患。諸如: 陳敬雄、林基正、吳宗儒、張高耀、周紹庭、湯旭男、陳如玉、李乾輝、楊宗憲、劉宜讓、許舜彬、李清、黃森庭、盧建宏、陳建興、蘇經凱、李鴻宗、許育彰、呂云傑、黃雅堂、李明杰、邱仁治、翁銘偉、王保山、楊崇德、黃彥儒、盧慶祥、蕭承凱、陳映守、秦儼、張鼎育、戴士豪、邱馨緯等等醫師，目前在台灣各地，照護胸腔及重症病患。
本院肺功能檢查室，先後有梁麗麗、吳宜瑾、黃柏蓉、孫佩芳、陳靚縈加入工作團隊，睡眠檢查後有方皇淑檢驗師加入工作行列，執行重要的胸腔生理檢查，以方便胸腔疾病診治。本科也引入多位專科護理師，協助臨床醫師複雜的臨床工作，目前有張惠娥、洪明燕、彭佳玲、張文娟、蕭文華、劉雅玲等協助重要病房與重症醫療與呼吸治療業務，並且協助醫學教育和本科特色醫療發展。
創院盧朝勇主任擔任主任約15年後於93年7月榮退回台北，後由本院呼吸治療科主任陶宏洋醫師兼任胸腔內科主任（93年7月到94年8月）一年，雙向聯繫胸腔與呼吸治療科。94年8月由賴瑞生醫師擔任胸腔科主任，擔任過多屆胸腔學會理事，作育英才並訓練南部許多位胸腔專科醫師，負責改建胸腔科辦公室與睡眠檢查室。本院開幕初期曾有呼吸治療科負責全院呼吸器使用，歷任科主任何莉櫻、姜安波、陶宏洋、主治醫師李琳、李錦中、李俊德、楊志勻等醫師；並有優秀呼吸療技師李金川、王治平、謝嫦娥、吳雯玲、曾秋萍等，帶領的呼吸治療師團隊臨床與工作業務。後為配合健保長期呼吸器整合政策，自101年7月起，核定胸腔內科與呼吸治療科業務整合一科（胸腔內科），原呼吸治療科人員(先後含陶宏洋、李琳、李俊德、李錦中等醫師)財產積效移轉到胸腔內科並由賴瑞生醫師續擔任主任，規劃並創立亞急性呼吸照護中心，期間李錦中、李俊德、王鴻昌醫師先後退休，科主任賴瑞生醫師於107年擔任13年主任後卸任，由李琳醫師陞任胸腔內科主任。之後數年胸腔內科研究論文與教職特色醫療蓬勃發展，有多篇優秀 SCI 與胸腔學會優秀論文發表，並有3位新升任助理教授，和幹細胞的特色醫療，順利通過 COPD 疾病認證，經過辛苦的3年 COVID 感染疫情時期。6年間先後陶宏洋醫師退休，丁燿明醫師於109年7月榮退、賴瑞生醫師於112年2月榮退，也招募升任多位胸腔科主治醫師。113年李琳主任卸任，由剛帶領本科與陽明交大團隊以幹細胞治療得到國家新創獎的陽明交大研究所指導教師，中山大學專任教師朱國安醫師新任胸腔內科主任。
【醫療特色】
為加強病患服務，本科在63病房及53病房設有胸腔病專科病房，另有慢性呼吸照護中心及呼吸加護中心協助重症呼吸照護與協助呼吸器脫離，103病房則有負壓隔離床。由於患者逐年增加，而平均每月之入出院人數約有200-250 人次。在門診方面，週一至週五上午均有門診，每月看診人數約 2500-3000人。為了使患者能快速得到正確診斷，本科自成立之後即同時成立了肺功能室及支氣管鏡室二個檢查單位。
除了常規肺功能檢查外，亦有自動支氣管誘發試驗儀、過敏原檢測儀，是診斷氣喘病的利器。自民國80年增加呼吸睡眠生理檢查之研究，能迅速診斷與分類患有睡眠呼吸中止症候群之病人。支氣管鏡檢亦為本科之重要檢查，由專科醫師負責指導總醫師正確的操作程序，如經由支氣管鏡做切片、刷拭、沖洗及照像等檢查。至於較遠端的病灶，也可利用內視鏡超音波定位，順利取得檢體。自民國87年起本科開始胸腔超音波檢查，對於肋膜積水及周邊肺病灶的診斷幫助很大。因應逐年攀升的慢性阻塞性肺病，於民國109年，成立肺復原中心，協助患者呼吸功能改善，增加運動耐受度，提升生活品質。
1. 肺功能檢查：
除了肺通氣，肺容積，瀰散量，支氣管擴張試驗等常規檢查外，並有全自動支氣管激發試驗，利用全自動支氣管誘發試驗儀迅速且正確地測出呼吸道對刺激的反應程度，是診斷氣喘病的利器。
2. 睡眠呼吸障礙檢查：
對疑似睡眠呼吸障礙患者，進行睡眠呼吸生理學之檢查，對患有睡眠呼吸中止症候群病人之病因能充分了解進行處置。
3. 支氣管鏡檢查：
支氣管鏡檢查亦為本科之重要檢查，由專科醫師負責主持，經由支氣管鏡做切片、刷拭、沖洗及照像等檢查，亦可由支氣管鏡檢查取出異物或進行治療，使各種胸腔疾患迅速獲得診治。
4. 經支氣管鏡超音波檢查：
經氣管鏡支氣管內超音波術即能更精確地診斷肺部疾病，及確切地偵測肺癌的侵犯範圍。支氣管鏡超音波原理就是將超音波的探頭縮小化，用來檢查肺週邊病灶與檢查肺中央區域、縱膈腔、肺門的病灶，並可評估氣管及支氣管病灶侵襲管壁的深度。經由支氣管鏡送入到達病灶處做病灶影像攝取及組織採樣，更進一步做影像學的分析判讀及微生物學、細胞學、病理學的檢查，用來提高疾病的診斷率。本院支氣管鏡超音波檢查從98年起使用，迄今已快速累積經驗，希望藉由此能更有效率確定診斷肺部疾患，達到早期發現早期治療的目標。近來將評估無痛支氣管超音波的可行性，以期減低病患的不適。
5. 彩色都普勒胸腔超音波檢查：
由於超音波檢查具有操作方便、迅速、不具輻射線等特色，常可在第一時間內提供安全快速的服務。舉凡診斷性的肋膜積液抽取、周邊肺病灶的抽取與切片、治療性的積液引流管的放置，都變得容易起來。
6. 呼吸加護病房（RICU） : 6F
基於提昇對於呼吸衰竭患者的照顧，於民國87年12月1日成立呼吸加護病房（簡稱為RCU），藉由更多的醫護人力與設備，對呼吸衰竭與重症患者提供更多及更好的照顧，加上各種生命跡象的監測器，讓醫護人員更容易掌握患者的病情變化，不僅可以給予適當的治療，也可以幫助患者早日脫離呼吸器。
7.亞急性呼吸照護中心（RCC）: 6F
衛生署於民國87年訂定『改善醫院急診重症醫療計劃』並提出【加護病房】、【呼吸治療中心】、【呼吸照護病房】的漸進式照護單位設立規範。因此健保局特邀請國內胸腔及重症加護醫學各方面臨床專家及學者，於89年提出「呼吸器依賴患者整合照護系統試辦計劃」。本科基於上述原因，成立呼吸照護中心，協助慢性呼吸衰竭患者積極儘速脫離呼吸器，除了尋找及治療潛在病因，也協助病人復原運動及呼吸復健，以期能早日脫離呼吸器。每床備有呼吸器及監視器，以提供使用呼吸器患者完善的照顧。除了病人之照護，另有呼吸治療師、營養師、藥師、個案管理師、出院服務個案管理師協助相關全人照護，以團隊進行人性且專業化的重症醫療業務。
8.肺復原中心
本院於107年11月加入健保局『肺阻塞醫療給付改善方案』；本方案藉由醫療資源整合制度的設計，提昇肺阻塞照護品質，加強肺阻塞病人之追蹤管理及衛教服務，提供完整且連續性的照護模式，設計以病人為中心之完整照護；在執行COPD個案整合照護的期間，個案除了藥物治療外，必須有一些非藥物治療的介入，例如：肺部復健，基於上述原因，本科與復健醫學部，於109年1月在高齡醫學大樓二樓復健醫學部成立『肺復原中心』。肺部復原運動執行項目主要是呼吸運動(腹式、噘嘴、咳嗽、Huff cough等)、復原運動（上下肢暖身操、上下肢主被動運動器、肺功動復健腳踏車）、體位引流、肺部擴張治療及高頻胸壁振盪模式呼吸道清潔等，一個有效的肺部復原運動至少要維持6週；執行對象：除了慢性阻塞性肺疾病，還可包含氣喘、肺部手術、肺纖維化、其他肺部、支氣管疾病及神經肌肉疾病影響呼吸肌肉等病人；其可改善個案呼吸喘之症狀及提昇生活品質。肺復原中心並於111年新增六分鐘走路測試、提供患者運動功能之評估。
9. 肺癌多專科照護團隊:收集與照護南區肺癌患者，定期多專科會議，依據指引提供最佳肺癌照護
10. 間質性肺病多專科照護團隊 : 收集與照護南區間質性肺病患者，定期多專科會議，依據指引提供最佳間質性肺病患照護，並提供未來可能幹細胞治療的追蹤與諮詢