政府基於加強南部地區民眾醫療照顧、促進醫學發展及提升醫學水準，民國七十三年於臺北榮民總醫院成立「高雄分院籌備處」，列為國家十四項重要建設之一，並於民國七十五年在現址動土興建。民國七十九年正式以「行政院國軍退除役官兵輔導會臺北榮民總醫院高雄分院」成立。成立後由朱繡棟醫師擔任本科主任一職開始服務病患。民國八十二年改制為「行政院國軍退除役官兵輔導會高雄榮民總醫院」，民國九十二年耳鼻喉科正式陞部為「耳鼻喉部」，民國一百零二年一月創科主任朱繡棟醫師屆齡退休，同年一月由前三軍總醫院副院長林曜祥醫師接任耳鼻喉部部主任。民國一百零二年配合行政院組織調整機關更名為「高雄榮民總醫院」，同年本部也正式改名為「耳鼻喉頭頸部」。民國一百零七年九月林曜祥醫師陞任副院長並兼代耳鼻喉部部主任一職，民國一百零八年十月，由康柏皇主任接任耳鼻喉部部主任迄今。
本部目前設有內視鏡室、超音波檢查室、聽力檢查室、語言治療室、前庭功能檢查室…等，民國一百零一年起，本院引進達文西機器手臂服務社會。本部目前部編制分為耳科、鼻頭頸科、口腔咽喉科三分科，分別下各設制科主任，含部主任共有主治醫師11名，住院醫師共13名，含2名已取得專科醫師之資深住院醫師。病床數為38床，月平均門診量約3160人次，月平均住出院約為254人次，床位使用率約9成(89.5%)。