1984年臺北榮民總醫院成立「高雄分院籌備處」，本室於醫院籌備期間配合成立開始運作，1987年7月1日正式命名為臺北榮民醫院高雄分院，並奉行政院核定為「榮民總醫院作業基金附屬單位預算」，將預算納入施政體系，迄至1993年7月1日改制為「高雄榮民總醫院」，始脫離臺北榮民總醫院獨立營運，並自1995年度起獨立編制預(決)算，依特種基金管理準則暨中央附屬單位預算執行辦法，訂定本院作業基金會計制度。
設置初期，彙編全院醫療項目收費標準，並積極配合資訊室規劃電腦化作業，訂頒「會計實務及處理程序」，推動會計資訊系統上線及業務電腦化，並架構成本會計制度，逐步完成各部門收入成本歸及全院成本分攤原則，呈現全院及各部科營運績效。同時於成會系統建構財務指標及燈號營運資訊，將院及各部科收入及成本增減情形以紅、黃、綠燈顯示前後期營運情形比較，適時提醒管理階層注意營運是否異常，即早因應改善。
另編製會計作業手冊、成本會計作業手冊，彙編常用財務法規，將本室重要文件上傳至文件管理系統，於主計室網頁開闢經費執行Q&A專欄等，除有利同仁業務傳承，亦建立院內同仁溝通平台，提昇服務品質，降低經費申報錯誤率，提高內部審核績效。近年配合行政院推動內部控制，制定管理程序書及內部控制作業流程。