本院為附屬單位預算，應依法報繳營業稅。除依加值型及非加值型營業稅法第8條醫院、診所、療養院提供之醫療勞務、藥品、病房之住宿及膳食等各項規定免徵營業稅外，餘請依第1條規定在中華民國境內銷售貨物或勞務及進口貨物，均應依本法規定課徵營業稅（如收取租金收入、給付國外資訊服務勞務報酬）。（財政部高雄巿國稅局左營稽徵所96/09/11財高國稅左營業字第0960009876號函、財政部台北巿國稅局96/06/01財北國稅審三字第0960217593號函）