本科於民國七十九年成立，當時高屏地區小兒外科已有高醫及長庚醫院，在地多年已經營有成，要開疆闢土實屬不易。於是在葉佐仁主任領導下，我們聯合小兒科醫師到鄰近五十個幼稚園作義診，以宣導本院本科服務項目；因此本科業務得以成長。 本科業務範圍除了最常見的小兒疝氣、陰囊水腫、包莖及隱睪症之外，還包括小兒胸部、腹部消化系統及泌尿系統之所有外科疾病及先天異常疾病。 本科備有腹腔鏡、精密小兒膀胱鏡、支氣管鏡、肛門及食道壓力測定儀等先進儀器，對疾病的診斷及治療有很大的幫助。