自西元1990年代來，雖然肺動脈高血壓的藥物治療有長足進步，但手術治療對於某些肺高血壓患者是有助益的。這些肺高壓的患者包括：
先天性心臟病合併肺動脈高血壓患者;
慢性血栓性肺高壓患者;
無法以藥物控制之肺動脈高血壓患者。茲分述如下：
先天性心臟病合併肺動脈高血壓患者：
先天性心臟病的成因很多，因此醫學界發明各式各樣的方法來治療先天性心臟病的患者。再者，台灣因為全民健康保險的發達，絕大部分先天性心臟病患者都於幼兒時期即診斷及加以治療，所以目前先天性心臟病併發肺動脈高血壓的病患並不多見。然而，仍有少部分患者於成年後才被診斷患有先天性心臟病，此時合併肺動脈高壓的機會很大。這些於成年後才發現之先天性心臟病通常是心房中膈缺損、心室中膈缺損或開於性動脈導管。雖然這類先天性心臟病合併肺動脈高壓的病人，其手術風險高於無合併肺動脈高壓患者，但若其自左向右分流仍遠大於自右向左分流者，仍建議以外科手術或內科心導管治療，通常術後肺動脈壓力及症狀會明顯改善。
慢性血栓性肺高壓患者:
如果肺高壓是由於肺動脈內血栓栓塞導致，是目前極少數可以治癒的肺高壓。其治療方法，是以外科手術進行肺動脈血栓內膜剝除術，術後有很大的機會可以讓肺動脈血壓恢復正常。但是，少數患者其慢性肺動脈血栓位於很小的肺動脈分支上，以致無法以手術治療，此類病人以往沒有藥物可以治療，但是很幸運地，於西元2013年有臨床研究證實riociguat可以有效改善病人生活功能。
無法以藥物控制之肺動脈高血壓患者:
在以前沒有藥物治療的年代，肺臟移植是唯一有效的治療方式，但是肺臟移植後，需要使用免疫抑制劑來保護移植的肺臟，但是抗排斥藥物又會使病人的免疫力變差，容易受感染。因此，肺臟移植已非是肺動脈高血壓患者的首選治療，但是對於無法以藥物控制之肺動脈高血壓，或是經臨床評估其每年預估死亡率大於百分之十者，仍強烈建議盡早將病人列入肺臟移植的等候名單。然而，在全球各地，尤其是東方國家，器官捐贈風氣不盛行，所以等候肺臟移植的時間常常很久。所以，對於某些較差的病人，在等候移植的同時，可以考慮心房中膈造口術。以下將這兩種手術分述如下：
心房中膈造口術：
有極少數患者即使接受了最好的藥物治療，卻仍然出現右心功能衰竭或者經常出現暈厥，這些患者可考慮進行心房中膈造口術，以維持生命，等待移植。這種手術是以心導管的方式進行的。方法是以球囊導管穿刺心房中膈，並進行造口擴張術，使右心房血液無須經肺循環而直接流入左心房，進而增加左心血流量，以增加心輸出量。術後，因部分血液未流經肺循環即進入左心，患者的血氧飽和度可能會下降。這種方法是以血氧濃度換取心輸出量，所以並不是每個病人都可以施作，術前需要謹慎評估。最後，要強調的是心房中膈造口術，只能緩解心輸出量不足的症狀，如低血壓或是昏厥，並不能治癒肺動脈高壓，因此施行這類手術的患者，我們同時會建議盡早排入肺臟移植等候名單。
肺移植:
肺動脈高血壓藥物治療效果不佳時，可選擇肺移植。美國約有70個移植中心，每個中心每年大約為150例肺動脈高壓患者進行肺移植。在所有肺和心肺聯合移植的患者中肺動脈高壓患者所占的比例由1991年的13%下降到2001年的4%，這主要是前列環素類藥物使用。
肺動脈高血壓患者接受移植後，為了防止自體免疫系統對移植的肺臟產生排斥反應，須終生服用免疫抑制劑，所以患者要面對可能出現的感染問題，但患者的生活品質在接受肺臟移植後能夠得到改善。但肺動脈高血壓患者接受肺臟移植後，會影響其壽命的因素是器官排斥和感染相關。
治療肺動脈高壓有三種移植方法：心肺移植、雙肺移植及單肺移植。分述如下:
心肺移植：
目前肺動脈高壓患者很少進行心肺移植，因為在肺臟移植後，其右心功能及結構會逐漸恢復正常。心肺移植的優點在於減少手術縫合次數，在治療肺動脈高血壓的同時可治癒多種先天性心臟病。因此如果患者合併複雜的先天性心臟病，心肺移植可能是最佳選擇。但對於心房中膈缺損、心室中膈缺損或是開性動脈導管的病人，在接受肺臟移植時，同時會診心臟外科醫師進行修補術會是較簡單且有效的方法。
雙肺移植：
目前大多數移植中心（包括台灣）傾向於為肺動脈高壓患者進行雙肺移植，因為術後容易康復。雙肺移植後即使肺部出現一些問題，也具有較大的功能儲備。另外。單肺移植後可能出現換氣/血流比例失調而導致術後併發症。但雙肺移植的缺點是患者需要等待器官的時間更長才能獲得兩個肺，且較單肺移植相比手術時間更長，難度更大。
單肺移植：
單肺移植相對容易，手術時間短，體外循環時間也較短。但移植後由於血流大多流向壓力較低的移植肺，容易出現通氣/血流比例失調。但單肺移植和雙肺移植對生存率的影響沒有顯著的統計學差異。並且在一些情況下單肺移植更有意義：例如，不能耐受雙肺移植的老年患者可能更適合單肺移植。