流感疫苗
呼吸道傳染病感染的高峰期好發於冬、春兩季，在台灣地區每年12月至隔年2月間，都是流感的高峰期。流行性感冒病毒與一般的感冒不同，單純性的流行性感冒沒有其他合併症，其症狀會在2~3天後緩解，大部分的病人會在一週內痊癒，流感具有很高的傳染力，出現發燒、頭痛、畏寒、肌肉疼痛、喉嚨痛及咳嗽的症狀，甚至會發生嚴重的合併症，造成病患身體不適或增加死亡的機率，因此某些高危險族群(如:65歲以上老人、慢性病照護機構的病患、罹患心肺疾病者、慢性代謝性疾病(糖尿病)、腎衰竭、血紅素病變、以及免疫不全、醫療照護工作者)，有可能因為感染流感而引起嚴重的肺炎，心肌炎，腦炎或繼發性的細菌感染等併發症。而注射流感疫苗是最好的預防方式，藉由疫苗的接種，可以降低疫情的嚴重度，進而降低因病毒感染而造成住院及死亡。
由於流感病毒極易產生變異，每年流行的流感病毒不一定相同，原施打疫苗對不同抗原型之病毒並不具免疫力，致保護效果減低，即使病毒未發生變異，疫苗成分相同，接種四到六個月後保護效果即可能下降，保護力一般不超過一年，所以世界衛生組織（WHO）每年均會監測流感病毒的流行及變異，建議疫苗的成份，所以每年均須重新接種，接種後至少約需兩週的時間以產生保護力，疫苗的保護效果需視當年使用的疫苗株是否與實際流行的病毒株型別相符，以及接種對象的年齡或身體狀況而異，平均約為30~80%，其保護效果可持續一年，專家建議應於每年九月中旬以後施打，但應儘量在十一月下旬之前完成接種，以因應每年農曆春節前後及二、三月的流感流行期。
流感疫苗是一個安全有效的疫苗，它的保護效果也相當不錯，可以減少抵抗力弱者的住院率及死亡率，雖然不能100%預防流感，但可以大大降低流感的併發症及嚴重性，但並非每個人都適合接種疫苗。疫苗接種時須注意，當發燒或正患有急性中重疾病者，宜待病情穩定後再接種，先前接種本疫苗六週內曾發生GBS者，宜請醫師評估，其他經醫師評估不適合接種者，不予接種。而疫苗接種禁忌有(1)已知對「蛋」之蛋白質有嚴重過敏者，不予接種。(2)已知對疫苗的成份有過敏者，不予接種。(3)過去注射曾經發生嚴重不良反應者，不予接種。
疫苗與其他任何藥品一樣有可能造成嚴重的副作用，如立即型過敏反應等，但這種機率是相當小的。流感疫苗是由死病毒製成的不活化疫苗，因此不會因為接種流感疫苗而得到流感。
接種後最常見之不良反應為注射部位疼痛、紅腫（約15-20％）。只有<1%的人會有輕微的全身性反應，如發燒、頭痛、肌肉酸痛、噁心、皮膚搔癢、蕁麻疹或紅疹等。不良反應ㄧ般會在發生後1至2天內自然恢復。嚴重的副作用如立即型過敏反應，甚至過敏性休克等不適情況（臨床表現包括呼吸困難、聲音沙啞、氣喘、眼睛或嘴唇腫脹、頭昏、心跳加速等）極少發生，若不幸發生，通常於接種後幾分鐘至幾小時內即出現症狀。其它曾被零星報告過之不良事件包括神經系統症狀（如：臂神經叢炎、顏面神經麻痺、熱痙攣、腦脊髓炎、以對稱性神經麻痺為表現的Guillain-Barré症候群等）和血液系統症狀（如：暫時性血小板低下，臨床表現包括皮膚出現紫斑或出血點、出血時不易止血等）。另外接種後應注意有無持續發燒（超過48小時）、意識或行為改變、呼吸困難、心跳加速等異常狀況，如有不適，應儘速就醫，告知醫師相關症狀、症狀發生時間、疫苗接種時間，以做為診斷參考，並通報當地衛生局或疾病管制署。當完成疫苗接種後，雖可有效降低感染流感病毒的機率，每一個流感流行季節皆有多種型別的流感病毒或其他感冒病毒同時流行，但流感疫苗只能保護其疫苗所涵蓋的病毒型別，是世界衛生組織依據北半球的流行狀況建議的，通常是主要流行型別；除此之外，疫苗是否有效，也與個體免疫反應有關。因此，接種流感疫苗，確實可以在流感盛行季得到很高的保護效果，但無法保證一定不會得到流感。完成疫苗接種後，雖可降低感染流感的機率，但仍有可能罹患其他病毒所引起的感冒，民眾仍需注意個人衛生保健及各種預防措施，維護身體健康。
肺炎鏈球菌疫苗
侵襲性肺炎鏈球菌感染症是由肺炎鏈球菌(Streptococcus pneumoniae)所引起的疾病。肺炎鏈球菌又稱作肺炎雙球菌，包含90種以上的血清型別，近三年台灣以19A、3、14、23F等型最常見，佔所有侵襲性感染症50%以上。一年四季都可能發生，主要流行季節為冬季至春季。肺炎鏈球菌常可存在於正常人的呼吸道、鼻腔內，並可透過飛沫傳播，一旦感冒免疫力降低時，肺炎鏈球菌快速複製就可能從呼吸道或血液入侵，可能併發其感染而引起疾病如：中耳炎、肺炎、菌血症、腦膜炎等疾病另因長期廣泛使用抗生素，造成肺炎鏈球菌的抗藥性偏高，因此建議高危險族群5歲以下嬰幼兒、65歲以上老年、免疫功能不全、脾臟功能缺失及各類慢性器官衰竭等病患人應接種疫苗，以預防感染。
肺炎鏈球菌主要經患者咳嗽和打噴嚏而產生的飛沫，或與患者親密接觸和觸摸被該菌污染的物件而傳播，為了避免肺炎鏈球菌感染，施打肺炎鏈球菌疫苗是目前最有效的預防方法，肺炎鏈球菌疫苗是一種相當安全的不活化疫苗，目前國內核准上市之肺炎鏈球菌疫苗有二種，分別為結合型疫苗（PCV）及多醣體疫苗（PPV）。結合型肺炎鏈球菌疫苗計有7價(PCV7)、10價(PCV10)、13價(PCV13)三種，此種疫苗所誘發的免疫反應會同時刺激T細胞及B細胞產生抗體及免疫記憶力所以疫苗保護時間較久。因此，出生滿六週以上及未滿五歲的嬰幼兒，建議優先接種接合型肺炎鏈球菌疫苗。
多醣體疫苗則僅有23價多醣體疫苗(PPV23)，此種疫苗其免疫機轉是透過刺激免疫B細胞而產生抗體，因未經過T細胞的活化過程故疫苗誘發的抗體保護時間較短，這對於免疫系統尚未成熟的2歲以下幼童就無法產生有效的保護力，所以65歲以上老人及2～65歲高危險群者為主要施打對象，接種1劑可維持5～10年效力，5年內未接種該項疫苗者，可經醫師評估後接種第二劑，該項疫苗應採深部肌肉注射，可與流感疫苗或其他疫苗分開不同部位同時接種。
接種肺炎鏈球菌疫苗注意事項:
若有發燒或急性疾病，宜延後接種。
為預防並即時處理接種後發生率極低的立即型嚴重過敏反應，注射後應於疫苗注射單位觀察至少30 分鐘，無任何不適症狀後才離開。
接種禁忌：
若有發燒或急性疾病，宜延後接種。
其他經醫師評估不適合接種者。
完成疫苗接種後，雖可降低肺炎鏈球菌感染的機率，但仍有可能罹患肺炎鏈球菌感染症，民眾還需注意保健與各種防疫措施，以維護身體健康。
接種肺炎鏈球菌多醣體疫苗後48 小時內約有小於1％可能有發燒反應，應提供醫師以為診斷之參考。接種48小時後仍然持續發燒時，一般醫師會考慮可能另有感染或其他發燒原因。
若要同時接種流感及肺炎鏈球菌疫苗時，為鑑別可能發生之局部副作用，同時接種流感疫苗及肺炎鏈球菌疫苗該2項疫苗之接種部位，建議左上臂接種流感疫苗、右上臂接種肺炎鏈球菌疫苗。
接種後如有持續發燒、嚴重過敏反應如呼吸困難、氣喘、眩昏、心跳加速等不適症狀，應儘速就醫，並以電話通報當地衛生局或疾病管制署。